Trường PTTH Lê Quý Đôn được thành lập ngày 29/08/1999, do thầy Đào Mạnh Thảo làm hiệu trưởng. Lúc ấy trường vô cùng khó khăn, thiếu phòng học nghiêm trọng , GV và HS phải dạy và học cả ở nhà xe, giữa bụi đất và tiếng ồn ào của xe cộ
Từ năm học 2001 đến tháng 3/2005 thầy Đỗ Văn Dâng làm hiệu trưởng thay cho thầy Đào Mạnh Thảo chuyển công tác về đơn vị mới. Được sự quan tâm của chính quyền địa phương, ban đại diện cha mẹ học sinh và sự tâm huyết, trách nhiệm của CB, GV, NV, nhà trường đã từng bước vượt qua khó khăn. Cơ sở vật chất từng bước được cải thiện, trường đã xây dựng thêm được 18 phòng học và chấm dứt tình trạng học 03 ca. Đội ngũ giáo viên cũng được bổ sung hàng năm để đáp ứng việc dạy học. Chất lượng giáo dục của nhà trường từng bước được nâng cao cả về số lượng và chất lượng cũng như các hoạt động thể dục thể thao, văn hóa văn nghệ.
Do số lượng HS phát triển nhanh chóng, đầu năm học 2004 – 2005 nhà trường đã làm thủ tục tách ra thành trường THCS Nguyễn Trường Tộ và Trường THPT Lê Quý Đôn. Đến ngày 11/02/2005 Chủ tịch UBND tỉnh Bình Phước đã ban hành Quyết định số 12/2005/QĐ-UB về việc thành lập Trường THPT Lê Quý Đôn trên cơ sở tách trường PTTH Lê Quý Đôn.
Giai đoạn này nhà trường có 52 CB, GV, NV, trong đó có 45 GV trực tiếp giảng dạy. Số lượng HS cả 3 khối 10,11, 12 là 992 em, được chia thành 26 lớp.
Từ tháng 8/2005 đến tháng 8/2014, thầy Trương Tuấn Ngà làm hiệu trưởng. Giai đoạn này nhà trường đã được đầu tư xây dựng thêm 27 phòng học và khu phòng chức năng gồm 8. Đến năm 2011 chính thức hoàn thành và đi vào sử dụng.
Tháng 8/2014 thầy Trương Tuấn Ngà được điều động về làm hiệu trưởng Trường PTDTNT Điểu Ong, và thầy Nguyễn Văn Phát được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng. Bốn năm sau, do công tác tổ chức, thầy Nguyễn Văn Phát được điều động về làm trưởng phòng giáo dục huyện Bù Đăng, thầy Huỳnh Văn Thông - Phó Hiệu trưởng được giao nhiệm vụ điều hành nhà trường năm học 2018 – 2019.
Ngày 19/8/2019, cô Lê Thị Bích Hạnh, nguyên phó chánh thanh tra Sở GD –ĐT Bình Phước được điều động về giữ chức Phó hiệu trưởng điều hành nhà trường.
Ngày 17/8/2020, cô Lê Thị Bích Hạnh được bổ nhiệm chính thức làm hiệu trưởng nhà trường cho tới nay. Giai đoạn này, trường được xây dựng thêm một khu hiệu bộ, một nhà thi đấu đa năng, sân trường được lát gạch và đổ bê tông rất khang trang, sạch đẹp.
Trường lớp được xây dựng, sửa chữa khang chang
Phòng thi đấu đa năng
Phòng truyền thống khang chang
Phòng thư viện hiện đại
Trải qua hơn 20 năm hình thành, phát triển với nhiều thế hệ lãnh đạo và đội ngũ CB, GV, NV tâm huyết, Trường THPT Lê Quý Đôn không ngừng lớn mạnh và đạt được nhiều thành tựu trong công tác giáo dục. Tại thời điểm này trường có 30 lớp với 1150 HS. Tổng số CB, GV, NV là 76 (trong đó trình độ Cao cấp LLCT là 02; Trung cấp LLCT là 04; Tiến sĩ: 01; Thạc sỹ: 07; Đại học: 63; có 16 giáo viên dạy giỏi và GV chủ nhiệm giỏi cấp tỉnh). Nhiều năm trường có tỉ lệ đậu tốt nghiệp 100%, số lượng học sinh giỏi đạt giải cấp tỉnh và HS đạt giải, huy chương trong Hội thao ANQP, Hội khỏe Phù Đổng năm sau luôn cao hơn năm trước. Đặc biệt có 01 HS đạt giải Ba trong Hội thao ANQP toàn quốc. Thành tích nổi bật của trường là trong cuộc thi Khoa học kỹ thuật và Cuộc thi sáng tạo thanh thiếu niên nhi đồng.
HS của trường đạt nhiều giải ở cấp tỉnh, cấp quốc gia và có 01 HS đạt Huy chương Bạc trong cuộc triển lãm quốc tế sáng tạo KH-CN trẻ. Có rất nhiều HS thành đạt và làm việc trong các cơ quan bộ máy nhà nước trên nhiều lĩnh vực, góp phần quan trọng trong công cuộc xây dựng, phát triển và bảo vệ đất nước.
